本校創立於民國四年四月一日(日本大正四年)初名為新莊山腳公學校菁埔分校，民國十年四月二十四日(大正十年)經台北州認可變更為六年制公學校，改名為菁埔公學校，民國三十年四月一日(昭和十六年)奉令施行國民學校制校名改為菁埔國民學校，民國三十四年八月十五日日本帝國無條件投降，第二次世界大戰結束，台灣復歸祖國版圖，同年十月廿五日全島熱烈慶祝台灣光復，本校舉行盛大典禮，十一月十六日州產接管委員會接收本校並改稱為台北縣立菁埔國民學校，民國三十六年七月十八日奉台北縣政府令校右改稱台北縣林口國民學校，民國五十七年八月國民教育延長九年，更改為今校名。 
      本校創校伊始，因無校舍，暫借南勢埔莊竹圍子大眾廟內為教室，為一班制，次年改為二班制，新校舍亦落成，校址於菁埔莊東湖，計有教室二間，校工室一間，貯藏室一間，廁所一間，宿舍一間，民國六年班級改為三班別，民國七年再增建教室一間，代用教一間，廚房一間，並增為四班制，民國八年第一屆修業生期滿修業生計三十六名，九年第二屆修業生期滿修業生三十八名，十一年舉行第一屆畢業典禮，畢業生三十九名，十二年增建辦公室一間，教室一間，十三年代用教室被颱風吹倒，三年級學生租用民家授課，十五年再增建教室一間，十八年，校地及校舍經林口莊協議會(即今鄉民代表會)決議贈送台灣總督府殖產局特產課作為茶葉傳習所之用，並遷移校地至林口莊菁埔字樹林口一百七十五號之一(即今校地)，並著手興建校舍，十九年一、四兩年級借樹林口公會堂(即今林口鄉公所)為教室授課，同年校舍落成，共有教室二間，代用廁所一間，代用校工室一間，代用貯藏室一間，並同時遷入新校舍，二十二年再增建教室一間，二十五年增建校門石柱一對，玄關八坪，教室二間，二十六年增建教室一間及廁所，同年林口莊場（即今林口鄉公所）遷回至公會堂辦公，本校原借公會堂之班級遷入新教室，將一班級遷入舊莊役場授課，同時新公會堂落成由本校借充為教室，並遷移二班至公會堂授課，二十八年因教室不足借用柑橘檢查所為教室授課（今三重客運站），二十九年新建禮堂落成，因教室不足三班級遷入禮堂授課，三十年再遷一班至禮堂授課，三十一年代用校工室及代用貯藏室被暴風雨摧毀，三十二年增建教室三間，三十五年代用教室一間被颱風毀倒，三十六年為防止颱風侵襲特於學校東北方裁種按樹三列，此期間學校門窗玻璃被竊殆盡，為免師生受寒流侵襲之苦乃以舊木板釘於窗口上，三十七年至五十一年間校舍變易情形因資料令無從查考，五十二年新建教室一間，五十七年新建三樓教室二間及廁所樓梯等，五十八年建二樓教室二間及廁所，六十年九月颱風侵襲，禮堂倒塌，六十年建二樓教室五間，六十一年增建教室五間，廚房一棟，六十二年陳議員添秀先生贈送花樹萬餘元，美化前院花木，六十四年新建教室三間禮堂一棟面積四八八平方公尺，七十一年新建一～三樓教室三間，地下室一間，七十年年王議員登貴大力爭取，徵收校地九七六二平方公尺，做為運動場之用耗資數千萬元，七十六年新建一～三樓教室三間，地下室一間，七十七年新建教室一～三樓共二十一間地下室七間及廁所六間完工啟用，八十年徵收校地四筆及撥用國有土地四筆預定興建游泳池，八十一年運動場擋土牆及圍牆完工，教師休閒中心一座完工啟用，運動場週邊造景美化綠化完工，八十二年運動場台階磁磚完工，運動場ＰＵ工程完工啟用。新建教室四十三間，廁所十六間，樓梯三座，地下室十一間，耗資近億元，業於八十四年四月完工，俟驗收後即可使用，屆時校舍不足情形將可獲得疏解。 
        三十八年，由於國軍營舍不足，故借用學校禮堂和教室充當營舍，原本不足的教室更是雪上加霜，那時學校像「軍校」，大樹上掛滿了吊床，校區被軍隊「借用」三分之一，學生則上二部制，有些班級就帶到竹林山觀音寺的樹蔭下授課，好幾年後部隊搬走了，禮堂改為辦公室和單身老師的宿舍，一直到被颱風吹倒為止。這期間由於政府「保衛大台灣」，「反攻大陸去」的國策，所以六十萬大軍的國防支出，自然沒有餘力從事學校的硬體建設「克難」是全國上下共同遵守的信條，國軍官兵每天只吃兩餐果腹，每年在選拔「克難英雄」，學校辦活動，大家一起來，每一個小朋友都要準備或製作器材，所有的道具大半皆由學生帶來，真是一切為反攻，一切為勝利，而這種生活，大家也習以為常。大家以平常心在漏雨的教室和自然光的教室讀書，生活也怡然自得。 
       林口國小由日本帝國到回歸祖國，部分光復校友也更改了國籍，光復後，本省籍教師能接棒教習中文書籍，誠屬難能可貴而孩子們亦能很快適應另一種教育，更足資證明這一群歷盡艱辛的同胞，他們適應環境的能力。想當年祖先冒險患難，冒死渡海東來，開荒拓土，蓽路籃縷，以啟山林，和大自然搏鬥的毅力，充分表現在異族統治下或兵馬倥傯的環境裡，他們逆來順受，順應自然，克服橫逆的大無畏精神，正是本校校友堅苦卓絕，奮勉自勵的最佳寫照！
      本校畢業生計光復前廿四屆，光復後六十一屆，畢業校友達一萬玖千陸佰餘人。在校生目前編制六十六班，啟智班一班，資源班一班，幼稚園一班，學生二二五六人，教職員工一一六人，創校百年來，在歷任校長、師長及家長的配合努力下，慘澹經營，畢業校友奉獻心力，造福桑梓、繁榮地方，人才肇出，地方政要如陳添秀先生、蘇萬乞先生、陳萬經先生、黃詩立先生、陳秋波先生、陳寶琦先生、王登貴先生、王榮宗先生、林子銘先生、蔡深根先生、蔡家和先生、郭義昌先生、洪德利先生、蔡宗一先生、陳建財先生均為本校畢業校友人民團體負責人如王陳玉燕女士、周基伙先生、蔡來成先生、蔡國瑋先生、黃厚卿先生、陳天義先生、等亦為本校校友、周基斗先生更是報業鉅子，他如在科學方面有任職美國太空總署之工程師如王喜雄，在工商方面有膺選傑出創業楷模如王家培校友等，人才輩出，不勝枚舉，校譽如日中天，盼我全體校友，再接再厲，貢獻所學，開創事業，造福鄉邦。